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病因，是指引起人体发生疾病的原因。《 医学源流论 ·病同因别论》说：“凡人之所苦，谓之病；所以致此病者，谓之因。” 中医 学又称病因为致病因素。病因学说，主要是研究各种致病因素的来源、性质、致病特点及其所致病证临床表现的理论，是 中医理论 体系的重要组成部分。掌握中医病因理论，对临床审证求因、据因施治具有十分重要的意义。
中医病因学的起源很早，远在春秋时代的秦国名医医和即指出：“阴淫寒疾，阳淫热疾，风淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾”（《左传·昭公元年》）。将阴、阳、风、雨、晦、明视作引起疾病的“六气”。《 黄帝 内经》将病因与发病部位结合起来，以 阴阳 为总纲，把病因明确分为阴阳两大类，即来自于自然界气候异常变化，多伤人外部肌表的属阳；凡饮食不节，居处失宜，起居失常，房事失度，情志过激，多伤人内在脏腑精气的属阴。另外，《黄帝内经》还提出了病因的三部分类法，如《灵枢·百病始生》说：“夫百病之生也，皆生于风雨寒暑，阴阳喜怒。喜怒不节则伤脏，风雨则伤上，清湿则伤下。三部之气，所伤异类。”
东汉 张仲景 在三部分类法的基础上，依据不同病因的致病途径、发病特征和传变规律，将其归纳为内所因、外皮肤所中、其他等三类，即《 金匮要略 ·脏腑 经络 先后病脉证》所说：“千般疢难，不越三条：一者，经络受邪入脏腑，为内所因也；二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也；三者，房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。”其病因归类体系，已初步形成了中医病因学说的框架，为后世“三因学说”的形成奠定了基础。晋代 陶弘景 在《肘后百一方》中提出“三因论”，即“一为内疾，二为外发，三为它犯”。隋代 巢元方 的《诸病源候论》首次提出了“乖戾之气”的病因，将传染病的病因与气候因素加以区别，丰富了病因学的内容。
宋代陈无择在前人对病因分类研究的基础上，把病因与发病途径结合起来，创立了“三因学说”。其在《三因极一病证方论·三因论》中说：“六淫，天之常气，冒之则先自经络流入，内合于脏腑，为外所因；七情，人之常性，动之则先自脏腑郁发，外形于肢体，为内所因；其如饮食饥饱，叫呼伤气，尽神度量，疲极筋力，阴阳违逆，乃至虎 狼毒 虫，金疮踒折，疰忤附着，畏压溺等，有背常理，为不内外因。”陈氏将病因分为内因、外因、不内外因，并认为这三种致病因素，既可以单独致病，又能相兼为病，彼此并非完全割裂。“三因学说”使中医病因学理论更趋完善，对后世影响较大。
另外，明代吴又可在《瘟疫论》中提出“戾气”有别于一般的外感六淫，并注意到每一种疾病都有其特定的病理特征，故推测由不同的邪气所致，首次提出“一病一气”之说，这在中医病因学发展史上有重要的意义。此外，南宋朱丹溪的“百病皆由痰作祟 ”和清代王清任的瘀血说等，补充了体内病理产物可转化成致病因素的内容，现代学者提出的热毒说、痰瘀同源说、环境毒邪致病说等，进一步充实和完善了中医病因学理论。
中医病因理论贯穿着整体观念的思想，具有以下三个特点：一是通过发病的客观条件认识病因。如感受自然界的风雨寒暑，外部刺激引起情志的变化，饮食损伤脾胃致病，房事或其他劳伤，跌仆、金刃、虫兽伤等，这些都是可直接感知的病因。二是借助取象比类的方法来推测病因。如自然界的风，善行数变，轻扬上行，并能动摇树木；当人体感受外邪，出现头痛、恶风、汗出、游走性关节痛、游走性瘙痒等与自然界风的特性相类似的症状时，就认为是感受了风邪的缘故。又如自然界的湿性类水而属阴，重浊黏滞；当人体感受外邪，表现出头身困重、体内气机阻滞，或有 湿浊物排出，或下肢浮肿等现象时，就认为是感受了湿邪的缘故。凡此种种，都是借助类比的方法来认识病因的。三是辨证求因，又称“审证求因”，即以疾病的临床表现为依据，应用各类致病因素的性质和致病特点，通过对各种症状和体征的综合分析来推求病因，为治疗用药提供依据。
中医的病因说，是古代医家在中医理论的影响下，在大量临床实践观察的基础上，借助类比等方法溯因而形成的，与西医沿“实体中心论”的思路，用还原方法去寻找各种疾病的特异性病因，并通过科学实验去发现和验证这些病因，有着本质上的差异。中医学的病因，是在对患者发病时证候的辨别、分析、综合的基础上，结合发病前患者生活状况及生活环境中的某些动态变化，对发病原因的回归性考察，偏重于宏观的、功能的、综合的、定性的研究。西医学的病因涉及疾病发生的外界因素、机体内部因素、自然环境及社会心理因素等多个方面，其中外界因素包括生物性因素、物理性因素、化学性因素和营养性因素等；内在因素包括神经内分泌因素、免疫因素、遗传因素、先天性因素和年龄、性别、种族因素；自然环境因素如季节、气候、大气、土壤和水等生态环境因素；社会心理因素包括社会制度、社会经济情况、社会文化变迁、社会结构、生活方式或行为、社会性灾害、社会心理状态等，另外还涉及医源性疾病。其对病因的认识主要依赖于多种检测的结果，偏重于微观的、形态的、分析的、定量的研究。
