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吴昆，字山甫，号鹤皋，自号参黄子。安徽歙县人。
他出身儒门，祖父元昌、父亲之韬，都是有修为的高士隐者。叔祖吴正伦，堂叔吴行简，都是当地 名医 。他15岁考举人没有得中，于是便“投举子笔，专岐黄业”。
他家藏的医书很多。吴氏“日夕取诸家言遍读之”，随乡人余午亭学医，渐有所成，余午亭劝他其出游，以向中医名士学习。他遍历三吴、江浙、荆襄、燕赵等地，凡是他觉得比他医术高的人，就向人家虚心求教。后来他医学大进，又因为治病救人时非常有爱心，所以其声名很快传播开来。
吴氏著有《医方考》(1584)、《脉语》2卷(1584)、《黄帝内经素问吴注》24卷(1594)、《针方六集》6卷(1618)。另有《十三科证治》、《参黄论)、《药纂》、《砭考》，已佚。
《素问吴注》对《素问》进行疏解，先简述大意，再分段注释。取譬形象，说理透彻，密切联系临床，深受欢迎。
《医方考》系方书，按病证分24门，每门下收方若干首，共收方剂700余首。《脉语》阐述了取脉方法、三部九候、生理和病理脉象、妇女小儿脉象特点等。对太素脉持批判态度。明确规定了病案书写格式。《针方六解》强调针药并行。
