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水菖蒲：根茎扁圆柱形，少有分枝，长10～24cm，直径1～1.5cm。表面类白色至棕红色，有细纵纹；节间长0.2～1.5cm，上侧有凹陷的圆点状根痕，节上残留棕红色毛须。质硬，折断面呈海绵样，类白色或淡棕色；横切面内皮层环明显，有多数小空洞及维管束小点。气较浓烈而特异，味苦、辛。
石菖蒲 ：根茎呈扁圆柱形，稍弯曲，常有分枝，长3～20cm，直径0.3～1cm。表面棕褐色、棕红色或灰黄色，粗糙，多环节，节间长0.2～0.8cm，上侧有略呈扁三角形的叶痕，左右交互排列，下侧有圆点状根痕，节部有时残留有毛鳞状叶基。质硬脆，折断面呈纤维性，类白色或微红色；横切面内皮层环明显，可见多数维管束小点及棕色油点。气芳香，味苦、微辛。
