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阴阳 五行 说，可分为 阴阳 说与 五行 说，然而两者互为辅成， 五行 说必合 阴阳 ， 阴阳 说必兼 五行 。春秋战国时的“ 阴阳 ”概念有两种意义，其一是指两种基本的物质之气，春秋时期人们已认识到 阴阳 之气的正常与否关系到天象、气候、物侯等自然现象的正常与异常。战国时期的 阴阳 学说还着重阐述了 阴阳 二气的盈虚消长、升降出入的运动变化规律及其对季节、气候和物侯的支配性作用。
“ 阴阳 ”概念的另一种意义是指相互对立的两种基本属性，或属性相反的两类事物，或一个事物中属性相反的两个方面。如雌雄、上下、左右、南北、进退、动静、生杀、强弱、明暗、寒热等等，《易传》云：“一阴一阳之谓道”（高亨《周礼注疏》卷五·544页，齐鲁书社，1979），即是对 阴阳 属性的表述。由于 阴阳 属性是相对的，故而在 阴阳 之中可以再分 阴阳 。《文子·微明》云：“阳中有阴，阴中又阳，万事尽然，不可胜明。”（《文子缵义》卷七，《二十二子》851，852页），即表述了这一思想。《左传·昭公二十五年》云：“生其六气，用其 五行 ，气为五味，发为五色，章为五声。”（《春秋左传正义》卷五十一）。这两段话中的五味、五色、五声、五节即是按 五行 将味、色、声、节各分为五种以入 五行 之类， 五行学说 中的一条基本原理—— 五行 相胜理论在春秋时也已产生。如《左传·哀公九年》云：“水胜火”（《春秋左传正义》，卷五十八）。《左传·昭公三十二年》云：“火胜金”（《春秋左传正义》卷五十三）可以为证。
战国时期 五行学说 有进一步的发展，首先是提出了 五行 之所的概念。《吕氏春秋·应同》所载邹衍“五德终始”论中提到了“土气”、“木气”、“金气”、“火气”、“水气”，这便是 五行 之气的概念。从邹子的“五德终始”论中可以看出， 五行 之气与 五行 归类有着密切的关系： 五行 之气分别支配着相应的五类事物； 五行 之气也有 五行 相胜关系； 五行 之气按相胜之序递胜（旺盛），由此引起自然和社会现象的变化。战国时期 五行学说 的另一个进展是明确了 五行 主时和 五行 方位的理论。
阴阳 的概念在医学中应用较早。医和的六气病因论即有阴气和阳气。《史记·扁鹊仓公列传》所载扁鹊及虢中庶子之言中提到了“阳缓而阴急”（《史记》卷一百五，中华书局，1959）。“破阴绝阳”等语，既有表示属性的“ 阴阳 ”，也有表示物质之气的“ 阴阳 ”，表明在春秋时期 阴阳 的概念已用于分析人的生理和病因病理。《周礼·天官冢宰》医师章有以五味、五谷、五药养其病，以五气、五声、五色养其死生（《周礼注疏》卷五，见《十三经注疏》，666页）之语，这显然是运用 五行 概念来归类，以诊断疾病的指导疗养，所以 五行 概念应用于医学当在《周礼》成书之前。
《内经》中系统地总结了当时自然哲学的 阴阳 五行学说 。例如《素问· 阴阳 离合论》云：“ 阴阳 者，数之可十，推之可百；数之可千，推之可万；万之大，不可胜数，然其要一也。”（《黄帝内经素问》卷二）。发挥了 阴阳 属性的相对性及其无限可分性的思想。又如，先秦诸子著作对 五行 主时只论及 五行 所司季节和日期，而《内经》则进一步把 五行 主时落实到时辰，为建立和发展医学理论服务。
《内经》中的 阴阳 概念也包括物质之气，即阴气和阳气。基于天人相应的观念，《内经》认为人身 阴阳 二气与天地 阴阳 二气呈同步一致的消长变化，认为人身脉象的变化与四时 阴阳 消长相应。脉象是人体气血 阴阳 状况的表现。脉象应四时 阴阳 即意味着人身 阴阳 与天地四时 阴阳 相应。《素问·脉解篇》还根据一年中天地 阴阳 的消长升降规律及其变异来解释各月份人体易产主的病症，认为人身 阴阳 与天地 阴阳 的消长升降完全时应相符。 阴阳 二气失调，会导致疾病的产生。
