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苗医在对疾病的认识上，导源于古代苗族万物起源和天文地理认识的种种传说。苗族用易于变化的气雾来说明世界的物质性，在“雾罩说”的思想指导下，苗医以“气、血、水”为理论基础，用这三种物质解释人体的基本物质与外界的关系，认为人生之病，外为水毒、气毒、火毒所犯；内有情感、信念所动，亦有劳累损伤所至，根据气、血、水性质，结合天象188星宿的观察，提出了“二纲三十六经七十二症”（有的称为两纲五经三十六症七十二疾）之疾病理论模式。两纲指冷病、热病；五经指冷经、热经、半边经、快经、哑经；三十六症一股是内科病；七十二疾一般是指外科病。由于苗族无文字，加上三大方言、七个次方言、十几种土语的差异，各地命名略有差异。
苗医的辨病立症，症即是具体的病，特别是对疾病命名，以民族生活习惯，所见所闻为主，或是以症状特点发生部位命名，应用了类比和形象思维方法，一症一病，知其名如见其病，甚至只须简单了解病的主症或病名，即可对症治疗，无须复杂的辨证，基本上是以辨病为主诊治疾病。苗医的诊法也十分独特，诊断病情常用望、号、问、触，也就是看望、号脉、问诊、摸触四诊。苗医的望诊丰富多彩，除形态、面色外，还有指甲诊、耳壳诊、指纹诊、头发诊、毫米诊、鬓角诊、掌面诊或其它特定部位的望诊。号脉主要是切足脉或手脉，以马步节律来比喻脉膊的节律，故把上肢脉称为上马脉，下肢脉称为下马脉，另外还有三关脉、指间脉、时脉、昆化脉、福脉、五指脉等。苗医在临床常用的数十种治疗方法中，外治疗法特别丰富，诸如挑筋法、蒸薰法、灯火法、化水法、糖药针法、滚蛋法，以及产科的坐产分娩法，伤科的悬梯移凳法等，苗医伤科有很高的成就。云南《马关县志》有“苗人有良药接骨生筋，其效如神”的记载。
苗族应用药物的历史悠久，历代本草多有记载。由于苗族地区盛产药物，是历代地方官上贡朝庭的贡品。
苗医药品种类繁多，包括植物、动物和矿物药等一千余味。所用药物疗效很高，并和中药有许多不同。地方志称苗药药色诡异，非方书所载，统称草药。有些药虽为方书所载，运用也不相同，具有自己的特点。苗药命名，有的突出药物的特殊功效，有的突出药物的特殊形貌，有的反映药物的特殊气味，命名形象而具体，注意实际，易懂易记。苗医很重视药物的功效，为此编出许多口诀。贵州紫去县苗医总结出：爬不得坡，离不开矮陀陀；上不得坎，离不开倒触伞，打得一身垮，离不开四块瓦；要得一身松，离不开木通；周身发麻，离不开乱头发。从中既知命名的形象，又可知药物的功效，这类口诀各地均有，生动易记。
在用药上主张“立方简要”、“一方一病”、“对症（病）下药”，一般是一、二种药一方，少数七八味药一方。苗医单方很多，专病专方，以单验方治病为主。
