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滋阴派
源自元代朱丹溪主张--滋阴并善用寒凉之药治病。着明代表医家包括王履及戴思恭。
温补派
以金代李杲的脾胃论为基础，治疗时重视温补中气的方法。代表医家首推薜己，次为张景岳及赵献可。
薜己（1488-1558），号立斋，其父曾任太医院院使。他医学造诣较深，兼通内、外、妇、儿、眼、口齿等科。其学术思想强调真阴、真阳不足。薜己著作甚多；《内科摘要》是中国医学史上第一本以内科命名的医籍，《口齿类要》是中医史上最早的口齿专书，其他著作包括《外科枢要》、《正体类要》、《薜氏医案》、《疠疡机要》、《女妇撮要》、《外科心法》等。他推荐以苍术、人参、甘草及北蓍为主的汤剂，治疗因脾胃不和所引起的疲乏及食欲低下。根据李杲《脾胃论》之描述，都是一些“温补中气”的药物。
张介宾（约1563-1640），字景岳，浙江山阴人。其医学主张主要为“阳非有余”、“真阴不足”以及“人体虚多实少”等论点。主张温补肾阴肾阳，慎用寒凉与攻伐方药。张介宾创制很多补肾方剂。于晚年编撰的《景岳全书》是一部综合性医籍。他亦撰写多部《黄帝内经》注释，内容浅易。
明代另一位力倡温补的医家，赵献可字养葵。他对薜己的学说十分推祟，尤其发挥命门之说，认为命门是人身之主和至宝，于1687年特撰《医贯》一书，用意是以保养“命门之火”的论点贯穿于养生与治疗等一切问题。因此他用药也多采用八味丸、六味丸等张仲景在《金匮要略》描述的补阳方剂。
温病派
温病学说的来源久远，是中医多种外感急性热病的总称，即是 外源性病邪引起身体发热等症状的疾病。明代以前，医家们对传染病和非传染病的认识，主要局限于《伤寒论》的范围，内容提及太阳病发热而渴，不恶寒者，为温病。
吴有性（1592-1672），名又可，姑苏洞庭人。他目睹当时疫病（又称为瘟疫病）流行的惨状，决心通过观察研究，对疫病的病因、传染途径及平日所用之验方等作详细记录，于1642年写成的《温病论》属于传染病的专着。他创立“戾气”之说，认为温疫之病并非由风寒暑湿所为外邪引致，而是由于感染一种外在的“异气”引起，这种“异气”他称作“戾气”。戾气有以下要点：
1、物质性可服药治疗。
2、通过口鼻侵犯体内，而致病与否则决定于戾气的量、毒力及人体的抵抗力。
3、戾气的种类不同，所引起的疾病会不同，侵犯的脏器部位也不一。
4、人类的疫病和禽兽的瘟疫是由不同的戾气所致。
5、痘疹与疔疮等外科化脓感染也是戾气所引起的。
古代痘疹就是天花，是严重传染病，早在汉代葛洪的《肘后方》已有记载，但一直没有有效的防治方法。直到明代发明人痘接种法，为预防天花开辟有效途径， 为免疫学的早期成就，在世界医学史上占有重要地位。人痘接种法开始应用的确实日期仍不能确定，但是最晚在明朝年间（1567-1572）确实有文献记载其应用。
