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清代康熙以来，医家尊祟经典成为学风，呼应而起的经典医书注家，盛极一时。他们做了大量考证与注释工作，在古典医籍的整理研究方面产生了很大影响。
一、《内经》
(一)张志聪《素问集注》和《灵枢集注》
清初著名医家张志聪主持编著的《皇帝内经素问集注》和《黄帝内经灵枢集注》，是一种影响颇大的《内经》全注本。
张氏集注本的注释水平较高。例如对《阴阳别论》中“二阴二阳发病，善张，心满善气”一句之“心满善气”的解释，王冰理解为“气蓄于上，故心满，下虚上盛，故气泄出”。其他对《内经》很有研究的医家吴昆、马莳，张介宾等均未对此作出解释，张志聪则对王注提出异议，认为“善气者，太息也。心系急，则气道约，故太息以伸出之”。其解说明确指出“善气”是善太息，这种心中满闷而善太息的解释，符合实际，较为贴切。
张志聪《内经》全注本屡出新见，其观点在近世产生了较为广泛的影响，对中医理论研究有着较大贡献。
(二)各具特色的分类研究
1、择分《内经》为九类；汪昂、薛雪汪昂所著《素问灵枢类纂约注》(1689)3卷，选录《素问》、《灵枢》中除针灸以外的主要内容，分为藏象、经络、病机、脉要、诊候、运气、审治、生死和杂论9篇，兼采历代注家之长进行注释。注文简明扼要，较为浅显易懂，为后世学医者所喜读。薛雪所著《医经原旨》(1754)6卷，分为摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病9类，计14篇。注文简要，主要参酌张介宾《类经》中的注释，揉和各家学说重予撰注而成。
2、分类最简的《医经读》：沈又彭所著《医经读》1卷，挑选若干条文，分别归纳于平、病、诊、治4类之中，可算类分最为简要者。平，为脏腑的正常生理。病，包括病机、疾病。诊即诊法，治即治则。故该书分类虽简，但已概括生理、病理、诊法、治则四大部分内容。所选条文较为精当，起到了删繁就简由博返约的作用，是一本适用于初读《内经》者阅习的书籍。
3、探索篇序原貌的黄元御：清代名医黄元御，以《素问》、《灵枢》代远年湮，文次伪乱，倡错简之论。他以自己的研究心得，著成《素问悬解》和《灵枢悬解》二书，《素问悬解》(1756)13卷，以通行本《素问》81篇的主要内容分为养生、脏象、脉法、经络、孔穴、病论、治论、刺法、雷公问、运气10类，重予编次。《灵抠悬解》(1756)9卷，根据通行本《灵枢》81篇的主要内容，按刺法、经络、营卫、神气、脉象、外候、病论、贼邪、疾病9类的次序重予编次。二书可称《内经》研究中独辟蹊径之作。
二、《难经》
此期对《难经》的研究，方式大抵是将《内经》《难经》有关内容相互对照，并以《内经》理论阐述《难经》义理与渊源。
清初莫所《难经直解》(1669)2卷，为《莫氏锦囊十二冲》之一种。莫氏注释《难经》以滑寿《难经本义》的理论为主，参考其余注家学说，并结合个人见解予以发挥，具有一定参考价值。徐大椿所著《难经经释》(1727)2卷，以《内经》理论为本，阐发《难经》义理及其学术渊源，其中述源析变、考订辨论、诠释发挥，颇具参考价值。黄元御所著《难经悬解》(1756)2卷，主要结合个人学识及阅读《难经》心得，对81难予以逐段注解，注文多较简要。
日本学者丹波元胤亦于19世纪初叶撰有《难经疏证》2卷，该书首列其父丹波元简《难经解题》1篇，元胤征引各家学说结合个人见解补其剩义。
