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清代处于我国封建社会后期阶段，随着经济进一步恢复和发展，社会生活在一定时期内相对稳定，后由于文字狱、禁书的影响，考据学盛行，不少医学家结合医疗实践，提出一些新方法、发现新规律，扩大了医学领域，促进了医学的发展，医学著作繁多便是其表现之一。
一、《本草崇原》
《本草崇原》，三卷，约始撰于康熙十三年(1674)，著者张志聪殁而书未成，后由弟子高世栻续成。继而王琦访得副本，校刊后刻入《医林指月》丛书，时已在乾隆三十二年(1767)，以后续有翻刻。
此书摘录《本草纲目》中本经药233味，(另有附品56种)，作“崇原”之论，自序云“诠释《本经》阐明药性，端本五运六气之理，解释详备，”有探讨药性理论之意，药分上中下三品，从药物性味、生成、阴阳五行属性、形色等入手，结合主治疾病之机理，阐明功效，崇本求原思想，对徐大椿、陈修园等影响颇大。
二、《证治汇补》
《证治汇补》八卷，康熙二十六年(1687)刊，李用粹(字修之，号惺庵，十七世纪浙江鄞县人)撰。
此书分为提纲、内因、外体、上窍、陶隔、腹胁、腰膝以及下窍八类，已与过去诸书不同，以内科杂病为主，论述复见集中。介绍八十余种较常见疾病病证，每症列为一章，每章又分数节，先引《内经》，后选诸家并注明出于何书，分析原因、外候、辨证、脉象、治法、用药、附证、方剂等，均为详而不繁，备而不见。深为临床医家使用所称便。
三、《本草备要》
《本草备要》，8卷，汪昂撰，康熙三十三年(1694年)刊，本书可视为临床药物手册，亦为医学门径书。主要取材于《本草纲目》和《神农本草经疏》。卷首为药性总义，统论药物性味，归经及炮制大要：卷一草部药191种，卷二木部药83种，卷三果部药31种，卷四谷菜部药40种，卷五金石水木部药58种，卷六禽兽部药25种，卷七鳞介鱼虫部药41种，卷八人部药9种，共计478种。每药先辨其气、味、形、色，次述所八经络、功用、主治，并根据药物所属之“十剂”，分记于该药之首。后世刊本又增附药图400余幅，更臻完善。此书刊本亦多，流传甚广。
四、《张氏医通》
《张氏医通》为综合性医书，十六卷，清·张璐撰于康熙三十四年(1695)，此书前十二卷论病，包括内、外、妇、儿及五官等科，分门分证，征引古代文献及历代医家医论，每病先列《内经》、《金匮要略》之论述，次引后世如孙思邈、李东垣、朱丹溪、赵献可、薛己、张介宾、缪仲淳、喻嘉言等诸家之说，同时结合个人临证经验发表议论，但大抵不外折衷成综合诸家观点，无多创见。不过，整体医学思想，比较与薛己、张介宾相近，并阐发“阳非有余，真阴不足”论甚力。自中风至婴儿共分十六门，每门又分子目，体例实取法于王肯堂《证治准绳》，而选辑更为精审。后四卷论方，共分94门,祖方一卷，专论方祖源委，分析其配伍、功能与治疗之证。另三卷为专方，以病证分门集方，并有方解。
此外，以《张氏医通》命名而实为《张氏医书七种》者，辑刊于1699年，包括《张氏医通”、《本经逢原》、《诊宗三味》、《伤寒绪论》、《伤寒缵论》、《伤寒舌鉴》、《伤寒兼证析义》，是刊丛书。
五、《古今图书集成·医部全录》
《古今图书集成》是中国最大的一部类书，康熙帝1683年完全统一中国以后，一面大兴文字狱，厉行思想统治政策，一面又大开科举之门，笼络知识分子编书校书。于康熙中期，诚亲王胤祉命进士陈梦雷编《古今图书汇编》历十余年而成，康熙帝命改名《古今图书集成》，其部六千有余，其卷一万，集经史诸子百家之大成，集经史诸子百家之大成。
《医部全录》原隶此书“博物汇编、艺术典”下之“医部汇考”，共520卷，分类辑录自《内经》至清初120余种医学文献，有古典医籍的注释，各种疾病的辨证论治，医学艺术，记事及医家传略等，记述系统，分门别类明确，各科证治有论有方，引证材科均一一详注出处，标明书目、篇目和作者，便于查对原书，是一部比较全面的医学文献参考书。
此书清末有影印本、铅印本，1934年中华书局出版缩印本。1962年，人民卫生出版社将《医部全录》排印分成十二册出版，订为医经注释，脉诊，外诊法，脏腑身形，诸疾，外科，妇科，儿科，总论及列传。艺文、纪事、杂论、外编等(共八个部分)，但将其中“太素脉诀”，“产图”等予以删去，对研究者为一缺憾。
六、《外科证治全生集》
《外科证治全生集》，又名《外科全生集》，1卷，刊于乾隆五年(1740)。五维德整理祖传秘术及生平经验而成《外科全生集》。此书后经清末马培之重新分卷并作评注，以前集三卷、后集三卷流行。
王氏书先总述痈疽病因、证候、诊法并列症29种。按人体上、中、下三部分论外科病证治疗，并兼以内、妇、儿各科病症治疗经验，计外科效方75首，杂病验方48首。另介绍200余种外科常用药之性能及其他炮制，复附有作者治验之案，甚便于临床施用。
七、《目经大成》
《目经大成》为清代眼科名著之一，黄庭镜(1704～?)著，于乾隆六年〔1741〕草成此书，此后四易其稿，但未付梓。弟子邓学礼(赞夫)得悉此书后于嘉庆十年刊行，更名为《目科正宗》，刊行九年后被黄庭镜之孙得见，遂以家藏旧本相校后刊印，悉还原貌。嘉庆二十三年(1818)问世，全书共23万余字，居历代眼科专著之魁。
书共三卷。卷一定论，卷二考症，卷三类方。卷首之论20余篇，并设“立案式”，其论症，按病因分凡12类，按病症分为89症。书末收载眼科方剂229首，阐明方义、细论化裁加减变化，更收外治方19首，俱实用尚有效者。
八、《医宗金鉴》
《医宗金鉴》九十卷，吴谦等撰于乾隆四年至七年(1739～1742)，为政府组织编修之大型医学全书。此书编纂、选材甚精，用功甚勤，理法甚严，共计有十五种：《订正仲景全书伤寒论注》、《订正金匮要略注》、《删补名医方论》、《四诊心法要诀》、《运气要诀》、《伤寒心法要诀》、《杂病心法要诀》、《妇科心法要诀》、《幼科心法要诀》、《痘疹心法要诀》、《种痘心法要旨》、《外科心法要诀》、《眼科心法要诀》，《刺灸心法要诀》、《正骨心法要旨》。由于吴氏崇尚仲景学说，故伤寒、金匮内容所占比例颇大，并列于卷前。
此书所包括之分立各科，已略与今之分科相同，而并不收入祝由科之类，或亦著作者于巫术迷信有所抵拒，但如种痘心法，备加赞扬赏析，并详作介绍。亦见接纳先进医术之例、正骨心法从《内经》理论而至具体摸按、端提、按摩、推拿手法，及人体骨骼解剖、竹帘夹板等器械图解，一一详明，有论有法，注重实际，收取各方经验，确为历代骨伤科专著中最好一种，其它各种多类此，各具特色。所以本书实为历来医学丛书、全书中最精当、完备、简要而实用之一部。刊刻之后，受到广大读者欢迎，为中医临证重要读物，并成为清代医学标准教科书。
九、《医学源流论》
《医学源流论》二卷，徐大椿撰于乾隆二十二年(1757)。此书堪称为“徐大椿医学论文集”，共收其评论文章九十九篇。上卷为经络脏腑、脉、病、方药，下卷则治法、书论(并各科)、古今。纵横捭阖，触及之处，每有新见，发前人之未发，言常人所不敢言，尤针砭时弊甚多，论述道理深湛，中医史上正缺如此大手笔之评论家也，大椿实古今第一人。
本书颇多先进之论，例如作“治人必考其验否论”，指斥“今之医者，事事反此，惟记方数首，择时尚之药数种，不论何病何症，总以此塞责，他认为，“若医者能以此法(效验)自考，必成良医；病家以此法考医者，必不为庸医之所误。”是颇具‘实践检验”为标准之义。种人痘法本非传统，当时推行尚多阻力，徐氏却具真知灼见，指出有“九善”(九大好处)，作不遗余力之提倡。
十、《本草纲目拾遗》
《本草纲目拾遗》十卷，赵学敏初撰于乾隆三十年(1765)，又续加补订而毕于嘉庆八年(1803)，至赵学敏死后，于同治三年(1864)方得初刊。以后则有多次重刊。
本书专为收录《本草纲目》一书所未载之药物而作，故名“拾遗”，共载921种药物(包括附品药205种)。其中新增716种为《本草纲目》所未载、161种为对《本草纲目》已收药物作补订。书前“正误”项下，另纠正《本草纲目》错误34条。当时传入的西医药资料，亦间见纳入，如日精油、金鸡纳、刀创水(碘酒)、鼻冲水(氨水)等。
书中附有大量医方，多得自采访所记用药经验，简便有效，亦是赵学敏重视“串雅”走方郎中本色。
本书无疑是清代新内容最多的本草著作之一，是对《本草纲目》的重要补充和发展，也是本草学的又一次系统总结。
除了以上著作之外，清代还有许多医学著作传世，如张志聪的《素问集注》以及王昂的《素问灵柩类纂约注》等著作都是比较著名的医学名作，为后世医学的发展起到了非常重要的作用。
