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1720年清朝击败了准噶尔军队以后，接着致力于重新统一天山南北，最后终于翦除了地方割据势力，并在新疆实施了一系列卓有成效的措施，奄奄一息的维吾尔医药也开始有了生机。
这时期出现了著名医学家毛拉阿热甫·和阗民(1558～1662)。他出生和阗拉斯括依村的世医家庭，17岁拜师学医，经七年攻读磨炼，回和田行医并教授医学，建立了医院，声誉鹊起。并再次外出学习。在印度，他进一步丰富了学识，成为有名的学者。他对伤寒病作了较深入研究，于是用波斯语写了一本《治疗伤寒的可信之音》专科医书。继之又著成《对智力者及国王有益方》。这本书被另一位医学家献给印度国王。毛拉阿热甫·和阗尼获誉归国，至莎车定居，从事宗教和医疗卫生事业，医治穷人，并用突厥语写成了《代斯吐肉勒依拉吉》(《治疗指南》)一书，接着又写成《花园受灾》，也是一部医学著作。这些著作是他一生智慧结晶，流芳百世。
又有拜德尔丁·苏皮阿訇(生卒不详)，是18～19世纪喀什噶里最著名的医学家之一。他出身于咯什噶里五代行医的家庭，不仅精通阿拉伯语、波斯语，而且还通晓天文，以之解释疾病吉凶和诊治方法。1832年，拜德尔丁·苏皮阿旬著成《酉帕依库鲁甫》(《精灵效灵方》)，为后世留下了宝贵遗产。他在为其徒弟之一的胡达拜尔阿旬写行医通行证同时，又为之写了100多种药物、剂型和关于疾病禁忌，有手抄本现藏新疆维吾尔医研究所。
贾马力丁·马合穆德·阿克萨拉依(1705～?)是一位集大成式的医学家。他学医并多年行医后，总结了自己的经验，以喀什噶里的吾甫力艾山、卡日西之《木吉孜力卡奴尼》(阿维森纳《医典》的简缩本)为蓝本，参考《医典》原本等十余种医籍，用阿拉伯文著成了《阿克萨拉依》(《白色宫殿》)三卷。因其医学成就卓著被誊为新疆的“希波克拉底”。
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《阿克萨拉依》第一卷包括理论和治疗，第一篇论述四原质、四体液学说、器官学说、素质学说、气学说、形与动学说(形神学说)等共七种学说，微有中西合参之意。第二篇为人体形态、生理、病理及其特征。第三篇讨论病因和病因分类。第四篇为诊断，包括十种症状诊断和四体液不平衡鉴别、切脉、验尿、查大便。治疗理论包括多种治疗措施、药物治疗和手法治疗，同时论述了药物理论和药物属性(干冷、干湿、干热、湿热)，药物方剂的规则和应用原则。其次，讨论器官疾病，涉及各科。并讨论全身器质性与非器质性疾病，包括讨论各种发烧，各种急性病及其持征；水、皮肤病、麻风病和各种传染病及其防治措施；骨伤科疾病，整形和化妆整形知识；各种中毒病症之抢救和预防。
