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蒙医学在十六世纪以前，经历了一段实际经验积累的时期，这在前面有关章节中业已介绍了。十六世纪以后，蒙医学有了飞跃的发展，形成了理论体系，是理论与实践相结合，以理论指导实践的阶段。
一、理论体系
在十六世纪以前，传统的蒙医学开始有自己一些比较朴素的理论，如寒热理论、滋补、药物的性味功能和骨伤科方面的理论。当时已开始吸收印度土、水、火、风、空“五大元素”的内容和“赫依、希拉、巴达干”(气、明、痰)理论，但并不系统，没有形成系统的理论。随着十六世纪藏传佛教的大量输入蒙古地区，藏医经典著作《四部医典》传入并被译成蒙文；而印度吠陀医学的《医经八支》也在这一时期传入蒙古地区，蒙医学的理论是综合本民族朴素的医学思想、部分汉族中医理论和部分古印度医学理论体系而成，它已具有本民族自己的特点。这从十八世纪蒙医学家伊希巴拉珠尔所著的《四部甘露》中充分地体现出来。它有机地结合几种理论，提出了“六基症”的学说，发展了“寒症”，“强敌对抗般的寒热相抗症”“野牛回击般的寒热相互倒变”等专章，讨论寒热学说，这是蒙医临床中辨证的总纲。
从诊断学上说，蒙医以望、问、触(切)三种诊法为主。十八世纪还出现内蒙古察哈尔盟罗布桑苏勒《脉诊概要》，就是论述脉诊的专著，他如伊希巴拉珠尔的《甘露之泉》(十八世纪)中，有“疾病辨诊篇”，论述“尿诊、问诊、脉诊及经验辨证，取舍辨诊”；此外，在伤科中还有外伤、脱臼、旱獭疫的特殊诊法；以及《方海》中的眼科九十四病症的诊法，都是蒙医特殊的诊断法。
二、临床医学
(1)骨伤科：这是蒙医学中最具持色的一种临床学科。明末的蒙族正骨学家绰尔济·墨尔根，他虽然未曾留下专著，但他精通骨伤科的事迹，在有关史书中不乏记载。如《清史稿》载努尔哈赤的白旗先锋鄂硕将军负伤箭拔不出，墨尔根就用手术将箭拔出，敷药治愈。他还应用冰镇法做麻醉，进行开放性骨折复位手术，伤口用桑皮线缝合，可见当时正骨科的水平已经不低。著名蒙医学者伊希巴拉珠尔在《四部甘露》一书中，还专门辟有治刀伤、创伤、脱臼等专篇，可见古代蒙医正骨科的发展水平已经相当先进了。
(2)其他临床科目：十七世纪蒙古族医家，赛因诺彦汁盟的罗布桑丹金扎拉仓著有《疾病类型详解经全》，后来的伊希巴拉珠尔也著有《白露医法从新》等，他们把临床分成三邪、内科、热病、传染病、五官科、妇科、小儿科、外伤科、杂病、中毒等部类，每一部类之下分成若干病种，如五官科之下就有头病、眼病、耳病、鼻病、口腔病等共四十四章。
三、治疗学：蒙医的治疗方法和技术是多种多样的。
灸疗法 传统的灸疗法是用白山蓟绒作原料，点燃后进行灸疗。除了传统的山蓟绒灸法外还发明了其他一些灸疗法。如柽柳灸法，纸棒灸法，铜灸法，金灸法等。
放血疗法 伊希巴拉珠尔在《甘露之泉》中的放血疗法提到了此法的适应、禁忌症、血管包扎法、放血法、穴位、疗程中的异常现象及其预防。在十九世纪占布拉道尔吉《蒙药正典》中用图解注出一百多个放血穴位。
针刺疗术 伊希巴拉珠尔在《甘露之泉》中提到寒针和热针两种。其中寒针就是一般的针刺，热针则是针刺和烤灸的结合，具有蒙古地区的特点。
阿尔山疗术 分为自然矿泉疗法和人工药治两种。蒙人认识到矿泉水有治病作用，人们称为“阿尔山宝力格”即“甘露泉”。在内蒙地区，这种矿泉很多，不下十多个。《甘露之泉》、《蒙医药选编》中部有关于温泉的记载。当然还有人工药浴，其主要成份为柏枝、麻黄、小白蒿、冬青、柽柳等，称为：“五味呵尔山”。
四、医学教育
早期传统的蒙医是以师徒授受的方式进行教学的。口耳相传进行传授，这在历史上都有所记载，象正骨学家绰尔济·墨尔根、伊桑阿等都是这样。自从十七世纪黄教及藏医《四部医典》传人蒙古地区以后，蒙医也开始以“曼巴扎仓”的形式传授医学。最早在布利亚特地区建立鄂托克旗乌力吉图黄召中的一个曼巴扎仓——鄂托克旗阿尔巴斯山曼巴扎仓，中间曾因战争而遭毁环，到1878年重建。一度有学生二百多人，还应用针灸铜人教学，另一处是今辽宁省阜新县瑞应寺的曼巴扎仓，其藏名为“都孜朝格金岭”，是一个重要的教学基地。此外，大库伦(今乌兰巴托)的曼巴扎仓、咱雅库伦曼巴扎仓等对于培养蒙医接班人，起着重要的作用。有严格的教学、考试制度，学制也长达五年，严格要求“背诵诠释”，都已经达到高级人才的程度。教学由曼巴堪布(医学教授)承担，通过答辩考试及格者，给予曼然巴(类似医学博士)学位。可见这个时期的医学教育是很成功的。
五、蒙药与方剂
蒙医在十八世纪以前就积累了相当丰富的用药知识，但此前还缺少系统的总结。十八世纪的著名蒙医学家伊希巴拉珠尔写过《认药学水晶鉴》，把801种蒙药分为珍宝类、草药类等八大类，分述其产地、形态、性味、功能、药用部分、炮制等内容。约与此同时，另一医家罗布桑苏勒和木撰写了数部药学著作，分述678种、十大类蒙药。
此后，蒙药著作就大量涌现，其中奈曼旗的占布拉道尔吉的《蒙药正典》影响最大。它把藏药、汉族中药的知识加以研究，融汇贯通，纠正了以往一些药物学方面的错误和混淆，对药物进行认真的鉴别。这方面代表作有公·官布扎布的《三审藏文速成读本》、《藏蒙汉合璧药名》、《梵藏合璧莹药名词典》等。蒙药学的水平进一步提高，有不少错误得到了纠正。
在方剂学方面，公·官布扎布的《药方》吸收了汉、藏二种医方的长处；十九世纪敏如尔·占布拉却吉丹金璞尔采的《方海》，都是十八世纪以来的重要代表作，尤其是《方海》详述了临床各科的方剂二百多首，不仅有汉藏印各民族医学方剂的特点，更有蒙古本民族的持色。
