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就藏医学而言，明清时期可以算是古代藏医发展的另一个和当辉煌的时期。明初，西藏地区正处在帕竹王朝时期，当时的学术思想相当活跃，名医辈出，并且形成了不同的派别，其中主要的是南北两个不同的学派，也就是强派和舒派，或称北派或南派。
强巴学派以朗杰扎桑(1394～1475)为代表，他出生在昂仁县，学识渊博。著有《八支集要·如意珠宝》、《本论注·议义明灯》、《释论注·甘露河流》、《后论释·难万想如意》等。他通过长期实践，有不少创新，还根据北方自然条件的特点、气候、地形等等，进行总结，尤其擅长用温热性的药物治病，也善于用艾灸疗法和放血术。
朗杰扎桑有很多弟子，其中如伦·列珠白就很有名，其五世孙伦汀·都孜居美对藏医学颇有研究，尤其善于绘制藏医汤卡，也就是挂图，这是藏医学中的一大特色。
舒卡学派比强派的出现较晚一些，其代表是舒卡·年姆尼多吉。1489年出生于前藏塔波拉妥舒卡，又名达靡沙米底·欧曲吉，早年就写了《千万舍利》一书，后来又著成《四部医典广注·水晶彩函》、《自他皆益的教诲》。虽然他只活了三十六岁，但他在医学上的突出成就使他成为南方学派的代表人物。在南方学派中，最突出的人物是舒卡·洛珠给布(约1509～1572)。他从小剃度出家，学习佛学，著有《贤者喜乐》、《药物性味药效表》。并结合个人长期经验的基础上，著成《祖先口述》，这在当时是对《四部医典》的权威性的注疏，至今仍有学习价值。清代初期，也即十七世纪中、下叶的第巴是桑吉嘉措，他是一位相当有所作为的人物。在他执政期间，在藏医学方面有如下一些成就值得提出。
(一)对《四部医典》的权威诠释：此前，各派医家各有自己的注解著作问世，《四部医典》也有不同版本，如扎塘版、达丹版、乌东巴版、干木保版、宗版等等，这对于《四部医典》的传播和正确理解，是很不利的。桑吉嘉措有鉴于此，利用他的权利，对《四部医典》进行了认真细致的研究、校对、注释和改正错误，集诸注家之长，去伪存真，终于著成《四部医典蓝琉璃》，成为一部公认的《四部医典》权威注释本，被公认为标准的注解本。
(二)绘制藏医挂图“曼汤”：藏医在发展的早期，就有人体解剖；药物等的绘制，内容比较简单，为了发扬藏医的优良传统，使藏医更容易为人接受，在桑吉嘉措的主持下，开始编绘整套的曼汤。当时，他主要以北方学派著名的医家伦汀·都孜吉美的曼汤为基础，根据自己所著的《蓝琉璃》的内容，聘请洛扎·诺布嘉措和黑巴格涅两人负责，分别起草图形，绘成草图，然后进行着色。到1688年，这套曼汤共绘出六十份。后来，他又进一步丰富内容，根据《月王药诊》等著作中有关尿诊、脉诊、火灸的内容补绘，到1704年，绘成全套曼汤共七十九幅。其内容几乎包括了藏医学的一切，从医学起源、理论、生理、解剖、病因、病理、治法、药物、外科器械、病状、诊断、预后，可谓无所不包。这在我国医学史上不仅是个创举，在世界医学发展史上也是绝无仅有的。
除了西藏地区本土的藏医学以外，在其他藏族聚居地区的藏医学，也值得予以足够的注意。比较主要的、有代表性的地区是多康地区，即包括青海、甘肃、四川等省的藏族聚居地区。
其中值得提出的有帝尔玛·丹增平措，他的主要贡献在藏药学方面；他的重要代表作是《治病伏魔药功能直讲·无垢晶球》和《甘露药物名称详解·无垢晶》，前书主要论述药物的功能，后者分述各种药物的性能及功用。两书全称为《无垢晶串》；该书著成于1787年，是作者亲临青海东部、南部，西藏东部及四川西部广大地区作实地调查后写的，是一部藏药学最有代表性的著作，现在一般通称《晶珠本草》。
