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清初的中外医药交流，并没有因朝代的更变而中断。明末来华的传教士继续留在中国，与清廷合作从事传教活动，并承担文化交流的使者。
一、中国医药外传欧美
明末清初，中西医药交流颇为频繁，其中以传教士向中国介绍西医药知识为多；但从雍正开始禁教后，传教士感到在华行医传教难以进行，他们便转而研究中医中药，并将这些内容介绍到欧洲。
传教士选择了中医的脉学、针灸学和本草学三部分内容向欧洲介绍中国的医药知识。
最早介绍脉学的是卜弥格的《医论》，康熙十五年(1676年)米兰出版了它的意大利文译本，十年后，纽伦堡天然药物研究杂纂补编，收录了此书。英国名医弗洛伊尔(J.Flover)受卜弥格译述的中医脉学的启示，致力于脉搏研究，并把他译述中医学的拉丁文稿译成英文，连同他自己所著的《医生诊脉表》书于康熙四十六年(1707年)在伦敦出版。弗洛伊尔是近代最早发明和研究用表来计数脉搏作为诊断方法的医学家，他自己认为对脉和吸呼的研究是受中医脉学的启发，从此了解中国脉学的人数日渐增多。
针灸学方面，马可波罗在一封信中曾谈到过中国医疗用的针，十七世纪针灸术已引起一部分欧洲人的注意，天主教士Du Helbe将针灸术传入欧洲。荷兰东印度公司的旁特最早记载了针术〔顺冶十五年，1658年〕；另一职员布绍夫〔M.Dusschof)用艾法治愈自己多年的痛风症，因而向荷兰介绍灸术，后破译成英文(康熙十五年，1676年)。同年吉尔弗西斯用德文写《灸术》一书。十八世纪以后欧洲人对针灸术认识渐多，出版介绍针灸的书约50种，德、法、英、瑞典、捷克等国均有介绍。爱尔兰出版了一本关于论述灸术的生理作用的专书。
清代向欧洲介绍中医中药的重要人物当推杜赫德(Du Halde)他根据传教士寄回欧洲的各材料编写成四大卷《中国及鞑靼中国的地理、历史、王朝、政治情况全志》(简称《中国全志》)，雍正十三年(1735年)在巴黎出版。其中第三卷翻译了《脉诀》、《本草纲目》、《本草》(第一卷)《神农本草》、《名医别录》、《陶弘景本草》、《医药汇录》等诸书(不是全译)，卷首为中医诊脉图，同册还撰有“中国医术”一文，书中介绍了阿胶、五倍子的用途，记述了人参、茶、海马、麝香、冬虫夏草以及云贵川的山芪、大黄、当归、白腊虫、乌桕树等等；第二卷也介绍了若干中药。杜赫德的书，不久便被译成英文和德文，在西欧颇有影响。达尔文在其关于物种变异的研究著述中，间接引述了《本草纲目》中关于金鱼变色的记述，并称之为中国的百科全书。
初据步材料，从1700年到1840年的140年中，西方出版的关于中医药的书籍(不包括文章)共约60余种，计针灸方面47种(法22、德12、英8、爱尔兰1、捷克2、瑞典1、意大利2)，脉学5种(法3、意3、英1)，临床方面2种(法1、俄1)，药学方面1种(法)，医学史方面2种(Pemusat著的法文版《关于中国医学史研究》和Pearson撰写的英文版《中国医学史》)。从数字上看，这一阶段已有七个国家出版了针灸书籍，说明针灸是此阶段受到注意的重点，另外，临床方面的外科、产科、以及医学史也开始受到注意，从国家上看，这一阶段以法、德、英等国出版这方面的书籍为最多。
二、西洋医学的传入
1、十七、十八世纪传教土的医药活动
清初传教士的境遇远不如明末，然而这段时期的医药活动却比明末频繁，这主要得益于康熙帝的奖掖。
康熙三十一年(1692)康熙身患疟疾，法国传教士张诚(P.Joan Franciscus Gerbillon，1654～～1707)和葡萄牙传教士徐日升(P.thomas Pereyra，1645～1708)，用锭剂减轻了他的疾病，以后法国传教洪若翰(P.Joames Fontaney，1643～1710)和刘应(Mgr Claudusde Visdelou，1656～1737)又将一磅从印度寄来有金鸡纳皮送入宫中、，皇上未达药性，派四大臣亲验，先令患疟者（人）服之，皆愈。四大臣自服少许，亦觉无害，遂请皇上进用，不日疟瘳。”（(法国)樊国梁《燕京开教略》中篇37页），康熙因此信任传教士，并“特于皇城西安门赐广厦一所(即北堂，又称救世堂)”。
当时在华从事医药活动，并与康熙帝有关的还有传教士罗德先、罗怀忠、安泰修士、樊继训等。
康熙二十九年(1690年)，康熙命法国传教士白晋(P.Joach Bouvet，1656～1730，字明远，1685年来华)和巴多明(P.Dominicus Pareniu，1665～1741，字克安，1698年离欧洲来华)进宫讲解人体解剖学，他们引用十七世纪法国著名解剖学家韦尔内(Guichrd Josephdu Verney，1648～1730)的著作、戴尼(Dienis)的著作和丹麦解剖学家、哥本哈根大学教授托马斯·巴托林(Thomas Bartholin，1616～1680)的《新的普遍观察》(De unicorn observarions novae阿姆斯特丹1678年)，编译成满文的讲义，附有大量插图，康熙传旨将讲义及插图用满文整理缮写，并装订成册，共计九卷。内容有解剖、血液循环、化学、毒物学和药物学。巴多明称此书为《按血液循环理论及戴尼斯发现而编成的人体解剖学》(L.anat omie de I.homme suivant la circularion du sang,et lesnouvelles decouvertes par Dinis)此书引用的原著，均属于法国进步学者所著，代表了十七世纪欧洲医学界的新潮流。康熙定名为《钦定格体全录》但此书因故没有出版发行，使中国学者失去了解接触西方最新医学成就的机会。这部满文讲义稿当时分抄三部，一部藏北京文渊阁，一部藏畅春园，一部藏于避署山庄。巴多明把手稿寄往法国科学院。
康熙晚年宣布禁教，雍正二年（1724年）2月11日礼部正式发布禁教命令，至乾隆年间继续实行禁教，一直到十九世纪上半叶，在将近一百年的时间里，中国处于闭关自守的局面。不过清政府明文规定的是禁止传教，并没有拒绝传教士传授的西学。这样，当时在清廷中供职的传教士因其通晓并传授西方科技，而被允许继续留在北京；另一方面，个别有特长的传教士仍从欧洲来到北京，这使得中西文化的交流并未因此完全中断。
十八世纪滞留在华的传教士处境艰难，在难以打开局面的情况下，他们纷纷转而研究中国文化。懂医的教士在从事医疗活动的同时，并注意探讨中医中药学，而西医的传播就相应地处于停滞不前的局面。
回顾十九世纪前耶酥会士在华的医疗活动，我门不难发现一个事实：清初(1800年以前)传教士则依靠他们手中掌握的医疗技术和药物得以接近帝王，并能在禁教时伴其左右，继续从事医疗活动。不过与明代不同的是：他们在文字方面宣传得少，介绍的医学知识亦有限，医疗话动基本局限在临床治疗上。这是因为在禁教期间，教会派到中国的多是具有临床经验的医生，通过这些通医术的传教士的活动，以达到医病传道的目的。所以清初学者所接受的西医知识，仍是由明末传教士所翻译介绍的。如王宏翰所著的《医学原始》主要采纳了《性学（牜角）述》的“辨觉性灵性”篇和四体液学说、《空际格致》的“四元行说”，以及《泰西水法》和《主制群征》中的医学内容。王学权在《重庆堂随笔》中以邓玉函的《泰西人身说概》中的内容附会中医学，赵学敏的《本草纲目拾遗》，其中“药露制法”便是取之于熊三拔的《泰西水法》)，并以中医理论加以修饰。
2、十九世纪前期传教士的医药活动自禁教起，中西交流仅限于广州十三行内所进的商业贸易。为照顾在华的商人，东印度公司专聘医生经常来广州、澳门为他们医病检查身体，这些医生有时也为当地的百姓治病。
东印度医生中最早博得华人信任的皮尔逊(Alexander Paerson)，从嘉庆十年(1805)起他为当地的小孩种牛痘。疫苗由在澳门经商的葡萄牙人Hewit利用活人从马尼拉利用海路带到澳门的。从嘉庆十一年(1806年)起，皮尔逊雇佣了许多中国助手，其中最出色的是邱熺，外国人都称他为A.Hequa，在中国人的帮助下，皮尔逊的种痘工作由城市推广到农村，1815年在广州行街的行商公所开设了诊所，每九天由一个中国痘师给15～40个儿童种痘。皮尔逊则在一旁监督。邱熺虽不懂医术，但从主持这家诊所起，手种不知多少万人，而从学者亦日众，常被请到各地施种，还曾巡至“都中四传种法”。邱熺晚年体力不支，由其子邱昶继承父业。
皮尔逊在刚开始种痘时，就编写了一本介绍种痘术的小册子，名为《新订种痘奇法详悉》，由乾隆年间来华的传教士斯汤顿(George Thomas Staunton)译中文。嘉庆十年(1805)出版，封面题为《英吉利国新出种痘奇书》，是为最早介绍种牛痘术的书籍，此书介绍了琴纳氏发明牛痘法的过程、种痘法西传的途径、分析了牛痘种与天花痘种的不同，并详细地描述了种痘的方法、过程、选用的器具、及临床症状，扉页附有图形，画有种痘的方位、真痘形状等。最后，介绍了取种和藏种的方法。
邱熺著有《引痘沦》，初刊于嘉庆二十二年(1817)，其中收编了皮尔逊作品的一部分内容，书中以介绍牛痘接种法、留浆养苗、取浆、度苗、真假痘辨、种痘的工具等为主，附有部分治疗并发症的药物。此书是我国传播牛痘法最主要的方书，复刊本不下四五十种。
十九世纪初的三十年中，在广东地区从事医药活动的主要是东印度公司的随船医生和传教士，而东印度公司也参与了这项活动，十九世纪第一个来华的传教士是伦敦会牧师马礼逊。嘉庆二十五年(1820)马礼逊和李温斯顿在澳门开设一诊所，聘请一位懂中医中药的华人作助手，专为贫苦百姓服务，救助身体及其灵魂。这是基督教在华开设的第一家医疗诊所，也是他们在华医院传教的开始。
开办这家诊所，不单是为了救治病人，也是出于马礼逊、李温斯顿对中药的兴趣，李温斯顿当时就想看看中国药材是否“可以对现今西方所掌握的，能减轻人类痛苦的方法，作些什么补充。”（Chinese Recoder，Vol18，1887，P3920）。他们为此建立了一个藏有800卷以上中医书籍的图书馆，并配备了各色各样的中药，让他们聘请的中医医生讲解各种草药的性能。
道光七年(1827)起任东印度公司医生的是郭雷枢(Thomas Richardson Colledge1796～1879)他曾在英国雷塞斯病院(Leicestr Infirmary)和圣汤玛斯(St Thomas Hospital)医院学医。那年在东印度公司的赞助下，他在澳门租凭两所平房开设了一所眼科医院(Ophrhalmic Hospital)这是个慈善机构，穷苦病人持有公司发给的免费证明便可赴诊，也有酌收药费的。
郭雷枢医疗工作的成功，使他意识到一个新问题，道光十六年(1836)他提出，向中国遣派传教土的同时，还应当派医学传教士：
“代替他们所进行的，有系统的正规教学和传道的是，应当让他们治疗病人，满足病人的需要，在他们的医疗实践中，还要渗入宗教、哲学、医学、化学等，”这一观点代表了当时在华传教士的心迹，因而立即为他们所接受。自此，西方各差会派进来华的传教士皆假医药活动接近百姓，获取信任，继而达到传教目的。
伯驾(Peter Parkerl804～1889)是第一位来华的从事医药传教事业中的牧师。他曾在美国攻读医科，道光十三年(1833)受美国公理会国外布道会派遗来到中国，在新加坡学中文，道光十五年(1835年11月1日)伯驾在广州新豆栏街(Hog Lane)丰泰行三号租得一幢房子，开设了“眼科医局”(Ophthalmic Hospial)，第二年春天怡和行的伍秉鉴又租了车泰行7号，在这所新医馆的出口处写着“博济医院(Pu，AilYuan，Hospital of Universal Love)为广州博济医院的前身，当时外人仍称为(Ophthalmic Infirmary，以后定名为The Canton Hospital(广东医院)（Edward V.(iulick，Perer Parkerand Openingif China，P.55)。道光十九年(1839)，中英因鸦片之事关系紧张，伯驾因替林则徐间接治愈了疝气病，而使林则徐对博济医院倍加赞许，伯驾也因此继续留在医院工作。道光二十年(1840年7月5日)伯驾回国，博济医院遂中止了工作。
