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清朝与日本之医药市舶往还，大体与明时相似，日本汉方医学的发展以内部诸学派的兴起和自创一说为主，可称之为中日医药交流的理论独创期。
一、汉方医学诸学派
明代中晚期在日本盛行的“道三流”后世派医学，至清初已渐成末响，飨庭庵(1615～1673)，林市之进等虽为曲直濑玄朔、曲直濑正纯之门下，但以宗刘完素、张子和之说为主，形成了“后世别派”，皆以天人合一、运气论、原病论等为主旨，道三派之外而宗李朱医学者的香月半山(1656～1740)，本宋儒性理及金元诸家论旨,倡“一气流行说”，解释外邪内伤病机，论传染疾病奥旨，拨中国历代医家著述之萃，立论稳健。
而此时有名古屋玄医(1627～1733)崛起，与后世派相撷抗，为“古方派”鼻祖。宗喻嘉言，推重《尚论篇》、《医门法律》，以张仲景为师，主张“依张仲景之意但不为仲景之方所拘束”，重临证亲试，依实际立沦，于是医学面目焕然一新，玄医门下，新论迭出：
如东洞之“万病一毒”，认为则水谷浊气留滞于腹成毒，毒动则万病发；外邪亦毒，则由感受，致病；治疗惟有去毒，用药即以毒攻毒。又因切脉不足证，以张仲景书本有按腹而诊，东洞遂大力提倡。腹诊之法至今为日本汉方医所宗。
对东洞理论，起而排击之者有后藤慕庵、浅井图南等，尤其望月鹿门(1680～1750)为中坚，指出东洞虽曰“师仲景”，实为“因子和”，“背理伤道”，“不杀人者殆稀”。主张中庸折衷，信古方，用新方，遂杨折衷一派(又称考证学派)。多纯元孝(1695～1766)创跻寿馆，为折衷派根柢。
折衷派在学术上企图调和各家，故理论趋于平凡；而考证医籍虽多穿凿，但综成汉医大系，厥功甚大。
二、中国医家赴日与学术传播
清代中国医生仍不断有到日本行医或传授医学，如1627年后任唐通事的马荣宇入籍于日。其子寿安(号有松)，以北山道长著名，在大阪开业行医。颇有声誊，遗有《北山医案》、《北山医话》等著作十余种。
又有戴笠，字曼公(1596～1672)杭州仁和人，为龚廷贤晚年弟子，尤精痘科，同时精书法、诗文、篆刻等。顺治十年(1653)因慨叹明之灭亡，避难到日，吉川氏之臣池田正直从之学书法，后学痘科，传给《痘疹治术传》、“妇人治痘传”、《痘疹百死传》等医书12种，以及生理、病理图七种，池田正直尽得其秘，池田家从此专业痘科，其四世孙瑞仙尤精。宽政年间(1789～1800)专设痘科，瑞仙擢为医官充任此职，是日本有痘科之始。从曼公学医者，另有高天漪、北山道长等。高天漪为本年从福建到日任庸通事的高寿觉的后裔，以书法著名，列为儒官，精医。曾献太上皇《养生编》。
浙江金华府人陈明德，庆安年间(1648～？)来到日本，更名颖川入德，善医，所投药饵能起死回生，最精小儿科，长崎人挽留不让回国，子孙承其业，著有《心医录》行世。
此期间到日本江户开业行医之王宁宇，名声甚大，从之学医颇多。门人中有任幕府医官者。当时此派医术最盛。稍后，1703年有杭州医师陆文齐到日；1718年有苏州医师吴载南到日；1721年有苏州医师陈振先及福建汀州医师朱来章到日；1725年朱来章又率朱子章、朱佩章到日；同年苏州医师周歧来到日；1726年苏州医师赵淞阳到日，此中以陈振先与朱子章为最有著名。朱子章到日，幕府发通告，命令医学有疑义可向其质疑问难。幕府医官今大路道三、栗本瑞见皆曾致书请教。但朱子章一年后即病死，陈振先则到达长崎后到邻近山野踏访采集，得药草162种，著《功能书》，经井元成加以和名，即《陈振先药草功能书》。
值得一提的是日本此期对中国医书的翻刊。日本自1606年得金陵版《本草纲目》，后来又得两部(内一部缺卷四)，1638年，有人据夏良心江西刻本(1603)翻刻，后又多次重刻；1645年翻刻过《诸病源候论》1663年翻刻陈实功《外科正宗》等书。这些中国医籍的翻刻，对日本医学起了扩大传播的作用。
